Bisnis.com, JAKARTA - Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) berhasil mengurutkan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing (WGS) dari dua sampel Virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia. Ini merupakan WGS pertama di Indonesia yang menggunakan teknologi Oxford Nanopore.
Hasil sekuens telah diajukan oleh LIPI pada Selasa, 25 Agustus 2020 di Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus SARS-CoV-2.
Anggia Prasetyoputri, peneliti pada Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI, menjelaskan SARS-CoV-2 merupakan virus yang memiliki materi genetik sehingga memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan cepat.
“Dari hasil WGS beberapa sampel virus yang ada di Indonesia, telah ditemukan adanya mutasi pada 12 sekuens SARS-CoV-2 yang telah diunggah di GISAID berupa mutasi yang terjadi pada nukleotida sehingga menyebabkan perubahan pada asam amino yang disandinya,” paparnya seperti dikutip dalam keterangan pers LIPI, Minggu (30/8/2020).
Sampai saat ini, menurutnya, belum diketahui apakah mutasi yang terjadi akan berpengaruh pada tingkat infeksi virus terhadap manusia ataupun adanya perubahan gejala yang timbul setelah terinfeksi Covid-19.
Melalui WGS informasi genetik yang tersandi dalam rangkaian RNA genom virus dapat memberikan beberapa informasi yang dibutuhkan tentang bagaimana cara membangun, menjaga serta melemahkan hidup virus tersebut.
“Pengetahuan awal mengenai kode genetik virus ini akan memberikan informasi lebih lanjut tentang bagaimana cara menangani virus tersebut, termasuk juga untuk pengembangan vaksin yang lebih sesuai untuk masyarakat Indonesia,” tambahnya.
xford Nanopore
Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano. “Perangkat Oxford Nanopore melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut,” terang Ratih Asmana Ningrum, Kepala Laboratorium Biosafety Level-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.
Ratih menjelaskan, informasi tentang perubahan arus dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul. “Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda”, jelasnya.
Menurutnya, pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuens. “Tentu saja diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu organisme,” rincinya.
Menurut Ratih, platform Oxford Nanopore ini memiliki banyak keunggulan, antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini serta harga instrumen rendah.
“Namun, penggunaan platform ini masih sangat terbatas. Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut,” ungkapnya.
Ratih menegaskan, LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan di masa pandemi ini.
