Bisnis.com, Jakarta –Garvan Institute of Medical Research, bekerja sama dengan Universitas Peradeniya di Sri Lanka membuat aplikasi seluler yang memungkinkan untuk menganalisis genom virus corona hanya dengan smartphone dalam waktu kurang dari setengah jam.
Perangkat nanopore yang mutakhir itu, diklaim memungkinkan para ilmuwan untuk membaca atau 'mengurutkan' materi genetik dalam sampel biologis di luar laboratorium. Sebelumnya menganalisis data mentah memerlukan penggunaan teknologi komputasi yang tinggi sampai akhirnya aplikasi ini ditemukan.
Dengan aplikasi yang disebut Genopo itu, membuat genomik lebih mudah diakses ke daerah terpencil atau kurang sumber daya, serta di rumah sakit.
"Tidak semua orang memiliki akses ke sumber daya komputasi berteknologi tinggi yang diperlukan untuk analisis DNA dan RNA, tetapi kebanyakan orang memiliki akses ke ponsel cerdas," kata rekan penulis senior Dr. Ira Deveson, ketua Genomic Technologies Group di Garvan's Kinghorn Pusat Genomik Klinis seperti dikutip dari phys.org.
"Analisis genomik yang cepat dan real-time menjadi lebih penting saat ini daripada sebelumnya, sebagai metode utama untuk melacak penyebaran virus corona. Aplikasi kami membuat analisis genomik lebih mudah diakses, secara harfiah menempatkan teknologi ke dalam kantong para ilmuwan di seluruh dunia," tambahnya.
Para peneliti melaporkan aplikasi Genopo di dalam jurnal Communications Biology.
Mereka menjelaskan, pengurutan genom tidak lagi memerlukan penyiapan lab yang canggih.
Hanya dengan ukuran stik USB, perangkat portabel seperti sequencer MinION Oxford Nanopore Technologies dapat dengan cepat menghasilkan urutan genom dari sampel di lapangan atau klinik. Teknologi tersebut telah digunakan untuk pengawasan Ebola di Afrika Barat, untuk membuat profil komunitas mikroba di Kutub Utara dan menentukan evolusi virus corona selama pandemi saat ini.
Menganalisis data sekuensing genom membutuhkan komputasi yang kuat. Ilmuwan perlu memecah banyak string huruf genetik dari data mentah menjadi satu urutan dan menunjukkan contoh variasi genetik yang menjelaskan bagaimana virus berevolusi.
"Kami berencana untuk mengubahnya," jelas rekan penulis senior Hasindu Gamaarachchi, Insinyur Sistem Komputasi Genomik di Garvan Institute.
Untuk mengaktifkan pengurutan dan analisis genom secara in situ, aplikasi itu dapat menjalankan alur kerja bioinformatika pada kumpulan data pengurutan nanopori yang diunduh ke ponsel cerdas.
Proses rekayasa ulang, dipelopori oleh penulis pertama Hiruna Samarakoon, diperlukan untuk mengatasi sejumlah tantangan teknis karena berbagai kendala sumber daya di ponsel cerdas.
Pengujian virus corona
Para peneliti menguji Genopo pada data pengurutan mentah sampel virus yang diisolasi dari sembilan pasien Sydney yang terinfeksi SARS-CoV-2.
Penelitian itu melibatkan ekstraksi dan penguatan RNA virus dari sampel swab, mengurutkan DNA yang diperkuat dengan perangkat MinION dan menganalisis data menggunakan smartphone.
Para peneliti menguji aplikasi mereka di perangkat Android yang berbeda, termasuk model dari Nokia, Huawei, LG dan Sony.
Aplikasi Genopo membutuhkan waktu rata-rata 27 menit untuk menentukan urutan genom SARS-CoV-2 lengkap dari data mentah, yang menurut para peneliti membuka kemungkinan untuk melakukan analisis genom di titik perawatan, secara real time. Para peneliti juga menunjukkan bahwa Genopo dapat digunakan untuk profil metilasi DNA yaitu suatu modifikasi yang mengubah aktivitas gen di dalam sampel genom manusia.
"Ini menggambarkan arsitektur yang fleksibel dan efisien yang cocok untuk menjalankan banyak alat bioinformatika populer dan mengakomodasi genom kecil atau besar," ujar Dr. Deveson.
"Kami berharap ini akan membuat genomik lebih mudah diakses oleh para peneliti untuk membuka informasi dalam DNA atau RNA untuk kepentingan kesehatan manusia, termasuk dalam pandemi saat ini." Tutupnya.
.jpg?w=300&h=221)
